همزمان با انتصاب علی شمخانی به دبیری شورای امنیت ملی ایران، محمدتقی کروبی از موافقت آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران برای ارجاع پرونده حصر خانگی میرحسین موسوی، زهرا رهنورد و مهدی کروبی به شورای عالی امنیت ملی خبر داد.
محمدتقی کروبی در صفحه شخصی‌اش در فیس‌بوک نوشته است: “چند هفته پیش در محافل سیاسی خبری از دیدار آقای هاشمی با رهبری بیان شد که در آن موضوع پایان دادن به وضعیت حصر و حبس غیر قانونی رهبران جنبش سبز مورد توجه رئیس مجمع تشخیص مصلحت قرار گرفته بود.”
وی افزوده است: “در همین راستا شنیده شد که رهبری موافقت خود را با ارجاع این پرونده به شورای عالی امنیت ملی اعلام کردند تا این شورا با دبیر جدید به موضوع حبس غیرقانونی ورود ماهوی داشته باشد.”
هر چند حصر میرحسین موسوی و مهدی کروبی به گفته اسماعیل احمدی مقدم، فرمانده نیروی انتظامی با دستور رهبر ایران صورت گرفته است اما محمدباقر قالیباف در جریان تبلیغات انتخاباتی یازدهمین دوره انتخابات ریاست‌جمهوری اعلام کرد که “موسوی و کروبی با مصوبه شورای عالی امنیت ملی در حصر خانگی به‌سر می‌برند.”
موسوی، رهنورد و کروبی از بهمن ۱۳۸۹ در حصر خانگی به‌سر می‌برند.