بر اساس خبر منتشر شده در وبسایت قرائت، در تاریخ دوشنبه 5 اردیبهشت ماه 1390 محمد مجتهد شبستری با دعوت نامه کتبی رسماً به شعبه 5 دادسرای انقلاب تهران (اوین) احضار شده است.

وی دوشنبه 12 اردیبهشت ماه 1390 در آن شعبه حضور یافت. بازپرس شعبه در ارتباط با سخنرانی وی در دانشگاه صنعتی اصفهان در سال 1388 از ایشان کتباً توضیحاتی خواست و به وی اعلام کرد بنا به شکایت دادسرای انقلاب اصفهان و تهران برای شما پرونده‌ای در دادسرای انقلاب تهران در ارتباط با آن سخنرانی تشکیل شده و به جریان افتاده است.

سخنان محمد مجتهد شبستری در انجمن اسلامی دانشگاه صنعتی اصفهان، از سوی برخی خبرگزاری‌ها توهین به پیامبر تلقی شده بود.