در زمان روي کار آمدن دولت‌هايي چون دولت اصلاحات که بزرگان حوزه همواره درصف مقدم مقابله با برخي اقدامات و طرح‌هاي دولت و مجلس بودند، ديگرنمي‌توان چنين رشادت و آزادگي را از سوي حوزه‌ها انتظار داشت. شهيدمطهري:ايشان (امام خمينى) معتقدند كه روحانيت بايد مستقل بماند همچنانكهدر گذشته بوده. حالا هم كه باز حكومت، حكومت اسلامى مىشود، با اين‌كهحكومت اسلامى است، ايشان معتقدند كه روحانيت بايد مستقل و به صورت مردمى مانند هميشه باقى بماند و روحانيت آميخته با دولت نشود.
در زمان روي کار آمدن دولت‌هايي چون دولت اصلاحات که بزرگان حوزه همواره درصف مقدم مقابله با برخي اقدامات و طرح‌هاي دولت و مجلس بودند، ديگرنمي‌توان چنين رشادت و آزادگي را از سوي حوزه‌ها انتظار داشت. شهيدمطهري:ايشان (امام خمينى) معتقدند كه روحانيت بايد مستقل بماند همچنانكهدر گذشته بوده. حالا هم كه باز حكومت، حكومت اسلامى مىشود، با اين‌كهحكومت اسلامى است، ايشان معتقدند كه روحانيت بايد مستقل و به صورت مردمى مانند هميشه باقى بماند و روحانيت آميخته با دولت نشود.
درحالي که همزمان با سال آخر رياست‌جمهوري دکتر احمدي‌نژاد، رديف بودجه کمک‌هاي دولت به نهادهاي مذهبي تا 60 درصد افزايش يافته است، خبرهاي منتشره، حاکي از آن است که دولت تصميم دارد، موج حمايت خود از نهادهاي مذهبي را به شدت گسترش داده و در اين زمينه، مهمترين کار خود را کمک به مدارس علميه مي‌داند.
به گزارش خبرنگار «تابناک»، سقاي بي‌ريا، مشاور رئيس‌جمهور در امور روحانيت، در روزهاي گذشته از طرحي خبر داد که طي آن راه‌اندازي سي مدرسهعلميه نمونه در سي مركز استان با گنجايش بالا و همه امكانات با بودجه چند ميلياردي مد نظر دولت قرار گرفته است. اين طرح که به گفته مشاور رئيس‌جمهور بودجه ميلياردي مي‌خواهد، در حالي از سوي دولت نهم مد نظر قرار گرفته که در سابقه هزار ساله فعاليت حوزه‌هاي علميه، همواره اين نهادمذهبي ـ علمي خارج از چتر حمايت دولت‌هاي گوناگون قرار داشته و همين امر، موجب حفظ استقلال رأي و برخورد آزادانه حوزه‌ها با مسائل جاري مملکتي مي‌شده است.
بنا بر اين گزارش، به گواه نوشته‌هاي تاريخي، حتي در زمان‌هايي ماننددوران مرجعيت و زعامت آيت‌الله شيخ مرتضي انصاري و آيت‌الله سيد ابوالحسن اصفهاني به عنوان دو مرجع علي‌الاطلاق زمان خود، تلاش‌هايي از سوي مقامات حکومتي براي کمک به حوزه‌هاي علميه و در نتيجه، وابستگي اقتصادي حوزه‌هابه دولت شده بود که همواره با پاسخ شديد اين بزرگان همراه بود. واکنشبزرگان از آن روي شدت مي‌گرفت که آنان فرجام چنين کمک‌هايي را از دست دادن استقلال رأي حوزه‌ها و دولتي شدن آن مي‌دانستند.
اين در حالي است که حسن نيت دولت در اين كار محل ترديد نيست، اما به نظر مي‌رسد که دولتمردان بايد اين نکته را در نظر داشته باشند که با اينكار که مساوي با وابستگي شديد مالي حوزه‌ها به دولت مي‌شود، در زمان روي کار آمدن دولت‌هايي چون دولت اصلاحات که بزرگان حوزه همواره در صف مقدم مقابله با برخي اقدامات و طرح‌هاي دولت و مجلس بودند، ديگر نمي‌توان چنين رشادت و آزادگي را از سوي حوزه‌ها انتظار داشت.
گفتني است که حوزه‌هاي علميه به عنوان نهادي غير دولتي از محل کمک‌هايمردمي و وجوهات شرعي، در ساليان متمادي، خود را از هضم شدن در دولت‌ها دور نگه داشته و همه امورات خود را با استقلال و خودکفايي به انجام رسانيده‌اند.
از سوي ديگر، برخي انتقادها از اعلام خبر ساخت سي مدرسه علميه با بودجهميلياردي از آن رو بالا گرفته است که همواره دولت‌ها در زمينه حل مشکلات آموزشي نهادهاي دولتي مانند آموزش و پرورش، موفق عمل نکرده و هميشه از کمبود بودجه اين نهادها مي‌ناليده‌اند، اما با اين اوصاف، کمک دولت به نهادي غير دولتي محل تأمل است و همين امر سبب شده است تا تحليلگران، اين كار را در راستاي نزديک کردن دولت به مراجع، به ويژه پس از اظهارات مشاييو نارضايتي بزرگان حوزه از عملکرد معاون رئيس‌جمهور بدانند.
نکته جالب توجه اين که بنيانگذار انقلاب نيز از دولتي شدن و از دست دادن استقلال حوزه‌هاي علميه نگران بودند، به گونه‌اي که در همين زمينه، شهيد مطهري از قول امام خميني(ره) مي‌نويسند: «اين نظريه بر اساس نظريه ديگرى است كه ايشان درباره روحانيت دارند كه روحانيت بايد مستقل بماند، همچنان كه در گذشته مستقل بوده است… حالا هم كه باز حكومت، حكومت اسلامى مىشود، با اينكه حكومت اسلامى است، ايشان [امام خمينى] معتقدند كه روحانيت بايد مستقل و به صورت مردمى مانند هميشه باقى بماند و روحانيت آميخته با دولت نشود… به هر حال روحانيت، نه به طور مجموعه و دستگاه روحانيت بايد وابسته به دولت بشود و نه افرادى از روحانيان بيايند پست‌هاى دولتى را به جاى ديگران اشغال كنند، بلكه روحانيت بايد همان پست خودش را كه ارشاد و هدايت و نظارت و مبارزه با انحراف حكومت‌ها و دولت‌هاست، حفظ بكند» (مرتضى مطهرى، پيرامون جمهورى اسلامى).