دفتر مطالعات حقوقي مركز پژوهشها با اشاره به اين كه در كنار وزارتخانه‌ها، سازمان‌هاي ديگري با عنوان موسسات دولتي در نظام حقوقي ايران وجود دارند، افزود: قانون‌گذار به دلايل فني و تخصصي انجام برخي خدمات عمومي و تامين نيازهاي جامعه را از عهده وزارتخانه خارج كرده و با اعطاي شخصيت حقوقي مستقل به يك موسسه دولتي در عين حفظ نظارت سلسله مراتبي بر آن، استقلال مالي و اداري آن را تضمين كرده است. بنابراين اگر قرار باشد بودجه موسسه دولتي در اختيار وزير مربوطه باشد و بر اساس نظر وي تخصيص يابد، اين امر به نوعي نقض غرض قانون‌گذار و لغو قوانين و مقررات موجد تاسيس اين گونه سازمان‌ها محسوب مي‌شود و با مباني حقوق اوليه سازگار نيست.
همچنين به موجب ماده ۶۸ قانون محاسبات عمومي كشور (مصوب ۱۳۶۶) ، بودجه هر يك از وزارتخانه‌ها و موسسات دولتي و واحدهاي وابسته به آن‌ها بايد به طور كامل و جداگانه در لايحه بودجه كل كشور درج شود . همچنين بر اساس ماده ۲۱قانون برنامه و بودجه (مصوب ۱۳۵۱)، اعتبارات طرح‌هاي عمراني در قالب برنامه‌هاي اجرايي همراه با اعتبارات جاري دستگاه‌هاي اجرايي در بودجه كل كشور منظور و براي تصويب به مجلس تقديم مي‌شود. منظور از دستگاه اجرايي نيز به استناد بند ۱ ماده ۱ قانون ياد شده «وزارتخانه …. موسسه دولتي و موسسه وابسته به دولت … » است كه عهده‌دار قسمتي از برنامه سالانه شود كه با توجه به موارد ياد شده اين موضوع با قوانين و مقررات عادي نيز سازگار به نظر نمي‌رسد.
در بخش ديگري از اين اظهارنظر كارشناسي و حقوقي مركز پژوهشها آمده است: بر اساس بند «هـ » ماده واحده لايحه پيشنهادي، تعيين رابطه مالي و نحوه تسويه حساب بين دولت ، شركت ملي نفت ايران، شركت ملي پالايش و پخش فرآورده‌هاي نفتي ايران، شركت ملي گاز ايران و شركت مادر تخصصي توانير شامل سهم از توليد و پرداخت يارانه‌هاي انرژي به دولت واگذار شده است. اين در حالي است كه بر اساس بند «ج» تبصره ۱۱ قانون بودجه سال ۱۳۸۶ كل كشور، « به منظور تنظيم رابطه دولت و وزارت نفت از طريق شركت‌هاي دولتي تابع ذي‌ربط و اعمال حق مالكيت دولت بر منابع نفت و گاز كشور به دولت اجازه داده مي‌شود براي سال ۱۳۸۶ نسبت به عقد قرارداد بين وزارت نفت و وزارت نفت از طريق شركت‌هاي دولتي تابع ذي‌ربط» بر اساس مقررات اين بند اقدام كند. و در واقع قانون‌گذار در بند مذكور ضوابط و مقرراتي در خصوص وضع چارچوب رابطه حقوقي و مالي مذكور در ۱۱ جزء مشخص كرده است. در حالي كه در بند «هـ » ماده واحده لايحه، اين اختيار بدون تعيين ضوابط و مقررات به طور مطلق به دولت تفويض شده است.
بنابراين، پر واضح است كه مفاد اين لايحه، به ويژه بندهاي «الف» و «هـ» (تفكيك جداول كلي و تفصيلي در لايحه بودجه ۱۳۸۷ – كه بدعتي در نظام حقوقي بودجه به شمار مي‌رود و عملا دست مجلس را از تصويب قانون بودجه آن گونه كه در مقررات آمده كوتاه مي‌كند – و تعيين رابطه مالي دولت و شركت‌هاي نفت و… ) خلاف قانون است. به اين معنا كه ، نه تنها دولت در تنظيم بموقع (قبل از تصويب بودجه كل كشور توسط مجلس نمايندگان مردم) و كارشناسانه بودجه تفصيلي كل كشور قصور قانوني كرده و در راستاي برنامه چهارم توسعه حركت نكرده، بلكه مانع از اختيارات انحصاري قانوني مجلس در تصويب بودجه تفصيلي كل كشور و اعمال صلاحيت نظارتي بر اجراي آن (به دليل فقد مصوبه مجلس به مثابه محك و معيار نظارت در اين ارتباط ) شده است.
اين در حالي است كه به تصريح قانون برنامه و بودجه كشور مصوب سال ۱۳۵۱، تمامي جداول ، اعتبارات، برنامه‌ها، عمليات دستگاه‌هاي اجرايي و روابط مالي بايد از سوي قوه مجريه تهيه و براي تصويب به مجلس شورا تقديم شود. بند «د» ماده ۱۵۵ قانون برنامه توسعه چهارم نيز در اين خصوص شايان توجه است. بر اساس اين بند، «اقدامات و عملياتي كه در جهت تحقق هدف‌هاي پيش‌بيني شده در اسناد توسعه بخشي، استاني و ويژه (فرابخشي) ضرورت اجرا مي‌يابند، در لايحه بودجه سالانه كل كشور درج و به تصويب مجلس شوراي اسلامي مي‌رسد».
مركز پژوهشها در ادامه خاطرنشان ساخت كه باتوجه به مراتب مذكور به نظر مي‌رسد واگذاري اين اختيار به طور مطلق و بدون تعيين چارچوب و ضوابط از سوي قانون‌گذار مغاير اصل ۸۵ قانون اساسي است و به همين دليل پيشنهاد مي‌شود قيود مندرج در بند «ج» تبصره ۱۱ قانون بودجه سال ۱۳۸۶ كل كشور در اين لايحه نيز ذكر شوند.
در جمع‌بندي اظهارنظر مركز پژوهشها آمده است: بررسي چارچوب حقوقي اين لايحه مبين اشكالات عمده‌اي در زمينه عدم توجه به قوانين جاري كشور و نقض اصول قانون اساسي است و رفع مشكلات اين لايحه نيز نيازمند اصلاح جدي در مفاد لايحه خواهد بود.نسخه كامل اين گزارش پژوهشي در نشاني www. Majlis.ir موجود است.