محمد هاشمی در خصوص حمله سازمان یافته به رییس مجمع تشخیص مصلحت نظام معتقد است اصل مشکل آنها به آقای هاشمی برمی‌گردد.
او می گوید: اگرچه امروز به دلیل اینکه آقای هاشمی تنها شده بیشتر مورد هجمه است اما اگر بخواهم ریشه آن را مطرح کنم از همان قبل از پیروزی انقلاب یعنی سال ۵۴ به بعد، آقای هاشمی همواره برای گروه‌های مختلف، هدف بود. حتی منافقین یا سازمان مجاهدین خلق در آن مقطع، برنامه ترور ایشان را در دستور کار داشت.
هاشمی در ادامه می افزاید: این دیدگاه وجود داشت که اول اینها را بزنیم و بعد، تخریب امام آسان‌تر می‌شود. در طول زمان آقایان بهشتی و باهنر شهید شدند و آقای خامنه‌ای ترور نافرجام شدند.آقای موسوی‌اردبیلی که به قم رفتند و از فعالیت رسمی فاصله گرفتند و فقط ماند آقای هاشمی. در این سال‌ها نیز همان شیوه بنی‌صدر در مورد تخریب ایشان به کار گرفته شده است. ممکن است افراد عوض شده باشند اما مانند بنی‌صدر می‌گویند که آقای هاشمی نباید هیچ کجا مسوولیت داشته باشد.
وی در خصوص تهاجمات سازمان یافته به رییس مجمع تشخیص مصلحت نظام و موضع گیری و سکوت وی می گوید: دلیل اینکه آقای هاشمی این‌گونه رفتار می‌کند این است که از اول نهضت و پیروزی انقلاب، واقعا نقش مادر را نسبت به نظام داشته است. هر کجا که بین نظام و مسایل خود قرار گرفته، آبرو و جان و وقت خود را وقف نظام کرده و آن را مقدم بر مسایل شخصی و خانوادگی و گروهی دانسته است. آقای هاشمی در برابر افراد ظاهرساز مدعی – که دایه هستند- باید نقش مادر را ایفا کند.
هاشمی در مورد انتخابات خبرگان می افزاید: آخرین مصداق آن، ریاست مجلس خبرگان بود. از شش ماه قبل دیدید که افراطیون، چه کارهایی نکردند چه فعالیت‌هایی نشد تا ایشان از ریاست خبرگان کنار بروند. ما در جریان بودیم چه کسانی کجا می‌روند و چه می‌کنند. اما لحظه آخر آقای هاشمی تصمیمی گرفت که همه مات شدند. ایشان گفتند کیان روحانیت نشکند و خودش رفت و آقای مهدوی را نامزد کرد.
او می گوید که برادرش معتقد است اگر آقای مهدوی شکست بخورد، شکست من است چون ما در روحانیت مبارز، ۵۰ سال همسنگر بودیم. بنابراین شکست آقای مهدوی را شکست خود می‌دانست.
او در خصوص برخوردها و هتاکی ها به خانواده هاشمی می گوید: به هر حال این تشخیص خوبی نیست که آقایان داده‌اند. ممکن است در مقطع کوتاهی هم جواب بدهد. وقتی سال گذشته آن رفتار را در تشییع جنازه و دفن همسر برادر ایشان انجام دادند و آن رفتار غیرانسانی را صورت داده و به دختر آقای هاشمی اهانت و فحاشی کردند، حضرت آیت‌الله سیستانی که ایران نیستند و در نجف ساکن هستند اعلام کردند رفتاری که با خانواده آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی انجام شد بسیار زشت بود و متجاوزان باید حد بخورند. بعضی روزنامه‌ها هم نوشتند وقتی یک مرجع در حد آقای سیستانی بگوید رفتاری که با دختر آقای هاشمی شده بسیار بد بود و باید حد بخورند دیگر چه می‌توان گفت؟ به هر تقدیر قضاوت‌های تاریخی می‌ماند و اینها متاسفانه در تاریخ انقلاب نوشته می‌شود و افراد را به جایی نمی‌رساند.
برادر هاشمی رفسنجانی در خصوص جایگاه مجمع و انتقادهای مطرح شده می گوید: معمولا پشت‌سر این‌گونه اظهارنظر‌های غیرکارشناسی، اغراض سیاسی نهفته است و مشخص است که آنها، ساختار قانون اساسی و نظام را نمی‌شناسند و به دنبال بهره‌برداری از فضاهای غیرکارشناسی هستند. آنها این را درک نکرده‌اند که اهمیت مجمع در چیست و فکر کردند نقش آن مانند مجلس سنای زمان شاه یا برخی دیگر از کشورهاست. آنها این موضوع را درک نکرده‌اند که اهمیت این میراث و ابتکار امام در کجاست. به عنوان نمونه در همین دوره اخیر راجع به مسایل اجتماعی، مصوبه مهمی در حوزه فرهنگی داشتیم. اینکه اندیشه‌های دینی و سیاسی امام به عنوان معیار اساسی در تمام برنامه‌ریزی‌ها مورد توجه قرار گرفته و در حوزه دین، با جریان‌های انحرافی ترویج‌کننده خرافات و موهومات مبارزه شده و روحیه قناعت و کیفیت تولید و… افزایش داشته باشد.
وی که با شرق گفت و گو می کرد با انتقاد از رواج خرافات می گوید: در این دوران اخیر ببینید چه خرافه‌هایی مثل بحث جن‌گیری و رمالی و این مسایل که دستگاه قضایی برای برخورد با آن وارد شد یا مساله امام عصر(عج) را که یکی از مسایل مهم در فلسفه مهدویت است به گونه‌ای به سخره کشیدند که باعث شد در جامعه بازخوردهای منفی داشته باشد.
هاشمی می گوید که قرائت ما، اندیشه‌های دینی و سیاسی حضرت امام است و باید معیار اساسی در تمام سیاست‌گذاری‌ها و برنامه‌ریزی‌ها باشد. مجمع در بحث‌های طولانی با حضور کارشناسان و فقها سیاست‌هایی را گذراند تا سد‌کننده اقدامات این گروه و انحرافاتی که چه در خارج و در داخل با کج‌اندیشی‌های افراطی در مسایل ارزشی به وجود آوردند، باشد. باز اگر خرافه هست، مجمع ابزار جلوگیری از آن را ندارد اما این مسایل به هر حال در جامعه در زمان خودش اهمیت خود را نشان می‌دهد و می‌گویند دین و جمهوری اسلامی که امام می‌خواستند بر پایه خرافه پرستی بنا نهاده نشده و آنهایی که هر روز اوهامی را در جامعه مطرح می‌کنند به دنبال اهداف دیگری هستند.
این عضو مجمع در ادامه گفت: در حوزه اجتماعی نیز مساله‌ای که در این دوره به طور جدی مورد توجه اعضای مجمع تشخیص مصلحت نظام بود، تقویت نهاد خانواده و جایگاه زن در آن و جایگاه اجتماعی و استیفای حقوق شرعی و قانونی بانوان در تمام عرصه‌ها بود. متاسفانه آمار نگران‌کننده‌ای از فروپاشی خانواده و طلاق اعلام می‌شود. وقتی ریشه‌های آن بررسی می‌شود می‌بینیم روی کج‌فهمی‌هایی است که وجود دارد و فرهنگ به سمت انحراف برده شده است. خانواده اولین واحد اجتماعی است. جایگاه زن در خانواده و صحنه اجتماع نیز بسیار مهم است. مجمع مصوبه بسیار مترقی در این بخش داشت که مشابه آن در دنیا نیست.
او معتقد است: نقش آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی در مجمع به گونه‌ای است که گاهی همه چیز تحت تاثیر حضور ایشان در این نهاد قرار می‌گیرد. از سال ۸۵ که ایشان برای دوره جدید هم منصوب شدند، گروهی حملات جدی را علیه ایشان و به تبع آن مجمع تشخیص مصلحت و البته هر نهادی که همراه آنها نباشد سازمان دادند.
هاشمی پیش بینی نمی کند که برادرش از ریاست مجمع کنار رود.