محمد بن ابراهیم شیرازی ملقب به صدرالدین و مشهور به ملاصدرا یا صدرالمتالهین، در حدود سال 979 یا 980هجری قمری در شهر شیراز متولد شد. 
پدرش ابراهیم بن یحیی قوامی یکی از وزرای دولت صفوی و مردی با نفوذ و ثروتمند بود که با نهایت کوشش به تربیت و تعلیم یگانه پسر خود کمر همت بست و در این راه از هیچ امری مضایقه ننمود. 
صدرالدین نیز از همان کودکی استعداد فوق العاده خود را نمودار ساخت و طی مدت کمی تحصیلات عمومی را به پایان رسانید. 

در آن زمان، پایتخت و مرکز علمی ایران، اصفهان بود و اکثر اساتید بزرگ در این شهر اقامت داشتند و در مدارس متعدد، شعب مختلف دانش را تدریس می کردند. 
ملاصدرا نیز برای کسب معرفت و تکمیل تحصیلات خود، شیراز را ترک گفت و عازم اصفهان شد. 

صدرالدین نخست نزد شیخ بهاء الدین عاملی مشهور به شیخ بهائی تلمذ کرد و از او علوم نقلی را آموخت و به کسب اجازه و درجه اجتهاد نائل گشت. 
سپس به شاگردی میرداماد درآمد و سال ها در محضر وی کسب فیض نمود و رموز حکمت را از او آموخت. احتمالا ملاصدرا در دوره تحصیلات خود در اصفهان، از محضر میر ابوالقاسم فندرسکی عارف، زاهد و ریاضی دان بی همتای آن عصر نیز استفاده کرده است. 

پس از تکمیل تحصیلات علوم متعارف، در اثر کشش درونی و نیز فشار بعضی ار علمای ظاهربین که با مشرب عرفانی او مخالف بودند، اصفهان را ترک گفته و برای طی مرحله ریاضت و انقطاع از مظاهر دنیوی به روستای کهک در نزدیکی قم پناه برد و هفت سال و بنابر قول بعضی پانزده سال در آن حوالی، دور از حوادث و اتفاقات دنیا در انزوا و خلوت به سر برد تا این که به مرتبه شهود و کشف حقائق باطنی رسید. 
خود وی درباره این دوره می گوید: 
رموزی بر من کشف شد که با برهان و دلیل امکان پذیر نبود بلکه آنچه پیش از آن توسط برهان عقلی فرا گرفته بودم با جزئیات بیشتری از راه شهود و بالعیان دیدم.

به تدریج آوازه شهرت آخوند ملاصدرا در افواه پیچید و دوستداران حکمت از اطراف و اکناف برای درک فیض به حضورش شتافتند. 
در این موقع، الله وری خان، والی فارس، مدرسه ای در شهر شیراز بنا نمود که به مدرسه خان معروف گردید و از آخوند دعوت کرد تا به وطن اصلی خود بازگردد و در آن مدرسه به تعلیم و تدریس اشتغال ورزد. 
بنا به امر پادشاه وقت شاه عباس صفوی، آخوند دعوت را پذیرفت و به شیراز مراجعت کرد. 
با حضور وی در شیراز، مدرسه خان مهم ترین مرکز علمی ایران گردید و تا پایان حیات ملاصدرا، طالبان علم را از دور و نزدیک به خود جلب نمود. 

آخوند تا پایان عمر در شیراز به تالیف و تدریس پرداخت و در این ایام هفت بار پای پیاده به خانه خداسفر کرد. او در بازگشت از هفتمین سفر، در بصره در سال 1050 هجری قمری در گذشت. 
به این ترتیب، زندگانی ملاصدرا را می توان به سه دوره تقسیم نمود: 
1- دوره طلبگی و تلمذ و بحث و مطالعه کتب قدما و آرای حکما در شیراز و اصفهان 
در این دوره، وی به تبتع و تفحص آرای فلاسفه و متکلمان و فلاسفه مشائی و اشراقی اشتغال داشت. 
2- مرحله تهذیب نفس و ریاضت و مکاشفه در روستای کهک که نهایتا به کشف حقائق ربانی و علوم الهی منجر گردید. 
3- مرحله تالیف و تدریس در شیراز که طی این دوره، تقریبا تمام آثار خود را تالیف کرد. 
صدر المتالهین در مرحله سوم عمر خود گذشته از تالیف آثار گرانبها و پر ارج، شاگردان بزرگی نیز تربیت نمود که مشهورترین آنها ملا محسن فیض کاشانی و مولا عبدالرزاق لاهیجی بودند که هر دو علاوه بر داشتن سمت شاگردی، داماد وی نیز بودند.

ملاصدرا دارای آثار و تالیفات متعددی است که برخی از مهم ترین و مشهورترین آن ها عبارتند از: 

1- اسفار اربعه
این کتاب مهم ترین اثر ملاصدرا به شمار می رود. اسفار به بیان خود ملاصدرا شامل شرح و تفسیر چهار مرحله سیر و سلوک عرفا و اولیای الهی می باشد. این چهار مرحله عبارتند از:

کتاب اول اسفار درباره وجود و مظاهر آن است. 
کتاب دوم آن از جواهر بسیط مانند عقل و نفس و نیز اعراض آن ها مانند جسم بحث می کند. «فلسفه طبیعی)
کتاب سوم درباره خدا شناسی است. 
و نهایتا کتاب چهارم به بحث از نفس می پردازد. 

2- مبداء و معاد
3- شواهد الربوبیه
4- مشاعر (به روش عرفانی)
5- الحکمة العرشیه (به روش عرفانی)
6- شرح الهیات شفا
7- رسالة فی القضا و القدر
8- رسالة حشر العوالم
9- رسالة فی اتحاد العاقل و المعقول
10- رسالة فی الحرکة الجوهریة
11- شرح اصول کافی تا حدیث شماره 499
12- مفاتیح الغیب
13- تفسیر قرآن کریم؛ شامل: 
تفسیر سوره فاتحه، آیة الکرسی، آیه 286 بقره، سوره نور، سجده، یس، واقعه، حدید، جمعه، طلاق، زلزال، ضحی و اعلی

مسلک فلسفی ملاصدرا

باید گفت که فلسفه اسلامی توسط صدرالمتالهین تحولی عظیم یافت؛ تا جایی که می توان آن را یک “جهش” در فلسفه اسلامی نامید. البته این جهش و تحول، مسبوق به یک سلسله دگرگونیهای تدریجی بود که قبلا توسط کسانی مانند شیخ شهاب الدین سهروردی صورت گرفته بود. 

مسلم آن است که قبل از ملاصدرا، حکمت مشاء و حکمت اشراق دو روش مختلف فلسفی تلقی می شدند. عرفان نیز کاملا مستقل از آن ها بود. علاوه بر این، علم کلام هم که ناظر بر حقایق اسلامی است، راهی غیر از مسیر این مکاتب داشت. 

کاری که ملاصدرا کرد این بود که اختلاف مکاتب مشاء و اشراق را از میان برد و مکتبی به وجود آورد که نه مشائی بود و نه اشراقی؛ نه عرفانی بود و نه کلامی. اما در عین حال، همگی این مکاتب را در خود داشت. مکتب وی در برخی از مسائل فلسفی با مکتب مشاء موافقت داشت و در بعضی مسائل با مکتب اشراق. 
همچنین بسیاری از موارد اختلاف نظر فلسفه و عرفان حل شد و بسیاری از حقایق اسلامی روشن گردید؛ بدون آنکه از راههای کلامی متعارف آن روزگار بهره گرفته شود. 
به این ترتیب بود که فلسفه صدرالمتالهین به منزله یک چهارراه تلقی شد که در آن، مسیر های های چهارگانه مشاء، اشراق، عرفان و کلام با یکدیگر تلاقی می کردند و با هم سازگار می شدند. 

اما سوالی که درباره فلسفه ملاصدرا مطرح است این است که آیا این فلسفه صرفا یک تلفیق مکاتب مذکور است یا یک سیستم ابتکاری و مستقل؟ 
تصور بعضی کسان از جمله پیروان ابن سینا این است که فلسفه صدر المتالهین صرفا یک تلفیق از مکاتب چهارگانه است و ملاصدرا صرفا یک فرد سازگارکننده این مکاتب بوده است؛ نه این که یک فیلسوف حقیقی باشد. 

اما در صورت مطالعه دقیق و منصفانه تاریخ فلسفه اسلامی و نیز آثار و تالیفات ملاصدرا، کاملا روشن می شود که فلسفه صدرالمتالهین یک سیستم فلسفی خاص، مستقل و منظم است که قبلا در هیچ نوع فلسفه ای؛ چه غربی و چه شرقی وجود نداشته است و امکان ندارد که از جمع و تلفیق سیستمهای مختلف به وجود آمده باشد؛ چرا که بیشتر راه حل های وی برای مسائل مشکل فلسفی هیچ سابقه ای نداشته است. 

همچنین ارکان اصلی فلسفه صدرا نتیجه ابتکار خود اوست که قبلا یا در کتب پیشینیان، اعم از فلاسفه و عرفا مطرح نشده بود؛ و یا طرح شده بود، اما مردود شناخته می شد و ملاصدرا آن ها را اثبات کرد و یا این که در کتب عرفانی مطرح بود و به عنوان مساله غیر استدلالی تلقی می شد؛ اما او برای آن ها، مبنای فلسفی استوار و برهان عقلی بیان نمود. 

برخی از مسائلی که ارکان حکمت متعالیه ملاصدرا شمرده می شود، به صورت فهرست وار عبارتند از: