علی مطهری در گفت‌و‌گویی که ویژه‌نامه نوروزی هفته‌نامه «مثلث» با او انجام داده، از نبود آزادی انتقاد از آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی گلایه کرده است. وابستگی روحانیت شیعه به دولت و بیت رهبری و همچنین لغو کنسرت‌های موسیقی به ویژه در مشهد از دیگر موضوعاتی‌ست که این نماینده تهران در مجلس شورای اسلامی در گفت‌و گو با ویژه‌نامه نوروزی «مثلث» به میان آورده است.
علی مطهری در گفت‌و گو با این هفته‌نامه خبری – تحلیلی اصول‌گرای چاپ تهران، درباره آزادی انتقاد از رهبر جمهوری اسلامی گفته است: «در دولت فعلی فضا خوب نیست. فضا بسته است، مطبوعات می‌ترسند به خیلی از مسائل وارد شوند. قرار بر چنین اتفاقی نبود که کسی نتواند اظهار نظر کند. این معنی ندارد که چون نظر ولی فقیه است دیگر کسی نتواند حرف بزند.»
او تلویحاً به نگرانی مسئولان جمهوری اسلامی از ناآرامی‌های اجتماعی اشاره کرده و گفته است: «کسانی نگران هستند که یک وقت برخی مسائل مطرح شود؛ آن‌ها اشتباه می‌کنند. هرچه مسائل بیشتر مطرح شود جامعه آرام‌تر است، هیچ لطمه‌ای هم به جایگاه نظام و ولی فقیه وارد نمی‌شود.»
مطهری در این گفت‌و‌گو به وعده آیت‌الله خمینی، بنیانگذار جمهوری اسلامی اشاره می‌کند که اشخاص معمم را منع کرده بود بر مسندهای دولتی بنشینند. به گفته علی مطهری، پس از تجربه بازرگان و بنی‌صدر، خمینی از این نظر عدول کرد، اما توصیه کرد که معممان به طور موقت «در حوزه اجرا بیایند»، اما همواره «استقلال خود را از دولت‌ها حفظ کنند.»
مطهری می‌گوید: «امروز به نظر من این موضوع آسیب دیده. این هم یکی از آسیب‌هایی است که ما داریم.»
او در ادامه این گفت‌و‌گو به سخنان امام جمعه مشهد درباره لغو کنسرت‌های موسیقی در این شهر اشاره کرده است. احمد علم‌الهدی، امام جمعه مشهد گفته است که کل شهر مشهد، حرم امام هشتم شیعیان محسوب می‌شود و به همین دلیل «مطرب‌بازی» در حرم جایز نیست.
علی مطهری در پاسخ به امام جمعه مشهد گفته است: «نمی‌توانیم برای یک منطقه خاص قانون خاص در نظر بگیریم. اگر انواعی از موسیقی حرام نباشد، دیگر فرق نمی‌کند در کجا می‌خواهد اجرا شود. اگر موسیقی مصداق غنا نباشد هیچ فرقی نمی‌کند در تهران نواخته شود یا در مشهد. نباید بیش از آنچه اسلام محدودیت ایجاد کرده، محدودیت ایجاد کنیم.»
علی مطهری از وزارت ارشاد اسلامی خواسته است که اجرای یکسان قانون در سراسر کشور را تضمین کند و در برابر سلیقه‌هایی مانند سلیقه امام جمعه مشهد بایستد.
او همچنین از روحانی خواسته است در واکنش به منتقدانش عصبانی نشود و با مدارای بیشتری به انتقاد‌های آن‌ها پاسخ دهد.
مطهری در این گفت‌و‌گو به ماجرای شیراز اشاره‌ای نکرده است. او ۱۸ اسفند ماه سال گذشته برای ایراد یک سخنرانی به شیراز سفر کرده بود که در بدو ورود به این شهر، مهاجمان مسلح به او حمله کردند.
مطهری، امام جمعه شیراز را به پشتیبانی از حمله‌کنندگان متهم کرد و حسن روحانی، رییس‌جمهوری، از آمران حمله به نماینده مجلس به عنوان «افراطیون منحرف و منفور» یاد کرد.